南京紫金医院是由第二军医大学南京军医学院(原海军医学高等专科学院)航潜教研室、高压氧实验室组合成立的脑血管病康复中心(1987)发展而来，1993年经南京市卫生局批准更名为 南京紫金医院 。
医院建院三十余年来，主要从事脑复苏、脊髓损伤和各种缺血缺氧引起疾病的研究和治疗康复工作。医院现为国家自然科学基金重点国际合作项目《关于意识障碍临床证据的后部皮层意识相关性研究》临床基地，连续3次评为南京市康复重点专科，是多家医学高等院校的实习基地。
医院目前在南京秦淮区、江宁区各设一个院区，共设计床位300余张，目前实际开放床位约240张，拥有两个重症监护室合计近30张床位，开放两台大型多人高压氧舱和3台单人氧舱。
医院坚持将学术研究放在发展的关键位置，于1996年首次组织国内专家制订了中国·南京持续植物状态诊断评分量表，后又两次发起修订，使该评分标准被广泛应用于植物状态患者的临床治疗。医院还连续承办多次脑复苏与康复高峰论坛、高压氧医学学术会议，参与编写出版了《昏迷与植物状态诊断治疗学》等多部专著。
医院于2002年被纳入南京市医保定点单位，是南京市首批纳入医保的民营医院之一。 医院与江苏省人民医院康复医学科、南京鼓楼医院神经外科、杭州师范大学国际植物状态和意识科学研究所等建立学术科研合作关系；与南京脑科医院、南医大附属逸夫医院等医疗机构组成医联体，方便患者双向转诊。
