2000年10月，省政府批准组建江苏省疾病预防控制中心，是直属省卫生健康委的公益性事业单位。2002年3月以来，增挂省卫生检测检验中心、省公共卫生研究院。2024年1月，挂牌的省公共卫生研究院更名为省预防医学科学院。现有江苏路172号、迈皋桥122号两座办公区，下设22个业务部门、15个职能部门、1个临时部门。单位核定编制695人，在职在编549人，其中高级专业技术职称264人、硕士研究生以上学历312人。建有国家突发急性传染病防控队、国家核和辐射突发事件卫生应急队2支国家级应急队伍。获批江苏省发改委 卫生应急工程研究中心 、江苏省卫生健康委 十四五科教能力提升工程流行病学职业病学 重点学科、 疫苗临床评价医学创新中心 和 新发突发重大传染病病原微生物重点实验室 。
累计主持省部级以上科研项目146项，其中国家科技重大专项1项、科技部863计划1项、国家自然科学基金项目36项（含优青项目1项）、国家社会科学基金项目1项。荣获各级各类科技奖180项，其中省部级科技一等奖4项、省部级其他奖项44项。累计发表论文5229篇，其中SCI论文1075篇。累计发布卫生标准201项，荣获发明专利、软件著作等知识产权301项。
中心坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，在省委省政府和省卫生健康委领导下，积极倡导 团结、奋进、求实、创新 疾控精神，履行省域传染病疫情和突发公共卫生事件应急处置、实验室检验检测、应用性技术研究、公共卫生信息统筹管理和大数据分析利用、对外合作交流等职能。有效应对 非典 、新冠病毒感染疫情，救援5.12汶川特大地震，处置9.14汤山投毒、婴幼儿毒奶粉、地沟油、小龙虾事件，援助非洲塞拉利昂抗击埃博拉疫情，对口支援西藏拉萨、新疆伊犁和克州，保障北京奥运、上海世博会等重大活动。高质量推进建设具有国际影响力的现代化疾控中心，服务 健康江苏 ，获中央文明委 全国文明单位 ，卫生部等部委 抗震救灾医药卫生先进集体 ，人社部等部委 埃博拉出血热疫情防控先进集体 ，国家卫生健康委 全国疾病预防控制工作先进集体 ，原国家卫生计生委、中华全国总工会 全国卫生应急技能竞赛团体一等奖 ，中华全国总工会 全国五一劳动奖状 等表彰200余项。
