淮安市淮安区现有政府主办医疗卫生机构31个。6个区直医疗卫生单位：淮安市淮安医院、楚州中医院、皮肤病防治院、疾病预防控制中心、卫生监督所、妇幼保健院；25个乡镇（中心）卫生院。淮安医院为三级乙等医院、楚州中医院为二级甲等中医院，25个乡镇卫生院为一级医院。全系统在职职工4162人，高级职称560人，中级职称1084人，开设总床位数2544张。
25个乡镇卫生院核定编制1354人，目前在编职工1170人，其他派遣及临时人员1047人，共有职工2217人，乡镇卫生院现有专业技术人员626人，高级职称137人，中级职称489人。乡镇卫生院能够开展普外、胸外、肿瘤、泌尿、骨科、肛肠、妇产及五官等专科手术。拥有CT、CR机、全自动生化分析仪、血球计数仪、彩超、电子胃镜、膀胱镜、多功能全麻机、体外碎石机、病理切片机等先进设备。
淮安区卫生体制比较健全，区、乡、村三级管理网络规范，医疗资源合理配置，基本形成了常见病、慢性病不出村级卫生服务站，小病不出乡镇（中心）卫生院，大病不出区级医院的格局。区、乡、村形成医疗管理一体化，医疗资源共享的格局亦已基本形成。
