盐城市疾控中心坚持改革与发展的主旋律，综合实力不断增强。综合业务楼布局合理、功能健全,是全省第一批达到地级市疾控中心标准的单位。装备仪器设备先进,拥有色-质联机、液-质联机、等离子发射光谱-质谱联机、气相色谱、液相色谱、原子吸收、等离子发射光谱、荧光定量PCR等仪器设备。建有艾滋病确证中心实验室、国家流感网络监测实验室、生活饮用水质检测中心、致病菌分子分型实验室等一批专业实验室。与中国疾控中心、厦门大学、复旦大学等高等院校和科研院所建立了长期紧密的科研协作关系。系南京医科大学公共卫生硕士和南通大学、盐城工学院、江苏医药职业学院等高等院校教学基地。盐城市疾控中心有促进人才成长和鼓励建功立业的良好机制和氛围。以能力建设为重点，着力打造 技能型 队伍。近年来，有6人分别被省、市政府命名为 有突出贡献中青年专家 和 领军型人才 ，多人多项获部、省级科技成果奖，一大批业务人员获市级科技成果奖。一支以省 333 、市 111 和 135 工程人才为骨干的专业技术队伍出色完成了各项疾病控制工作，并经受住了非典防制、禽流感防制、手足口病防制、甲型HINI流感防控等重大防病任务的严峻考验。
盐城市疾控中心注重营建先进的疾控文化。始终把疾控文化渗透到发展的各个方面、贯穿于工作的各个环节，涌现出了劳动模范、抗震英雄、 五一 劳动奖章、新长征突击手等优秀代表人物，形成了强大的队伍凝聚力和管理执行力，为广大业务人员提供了发展的广阔空间和展示身手的舞台。
