1956年3月，卫生部发文同意成立江苏省祖国医学研究所，为我院发展的前身，首任所长为著名中医药学家、学部委员（院士）叶桔泉教授。历经半个多世纪的岁月沧桑，江苏省中医药研究院、江苏省中西医结合医院成为中国中医科学院地方分院，是专业从事中医药研究的省属公益类科研机构、三级甲等综合性中西医结合医院、南京中医药大学第三临床医学院、全国重点中西医结合医院，也是国家药物临床试验机构、国家住院医师规范化培训基地。
目前医院开放床位778张，设有16个一级专科，32个二级专科。拥有国家药物临床试验机构15个专业及I期临床试验研究室。消化科为国家卫生部临床重点专科建设项目、国家中医药管理局「十二五」重点专科建设项目；骨伤科、心血管科为国家中医药管理局「十一五」重点专科；重症医学科为国家中医药管理局「十二五」重点专科培育项目；心内科、妇产科、呼吸科、消化科、肿瘤科、内分泌科、普外科、儿科、肾科、老年科、神经内科为江苏省中医重点专科。
