南京市中医院（南京中医药大学附属南京中医院、南京市体育医院）成立于1956年，现有2个院区、4个分院，占地面积92亩，建筑面积31.1万㎡，在职员工1985人，其中卫技人员1769人，高级职称567人，硕博士507人。
作为新中国成立最早的中医医院之一，医院传承金陵医派，发展至今已是一所中医特色突出、现代医技科室设置完善、急诊急救水平过硬的现代化大型三级甲等中医医院。2018年成为南京市人民政府与南京中医药大学共建直属型附属医院，是全国肛肠医疗中心、国家级区域诊疗中心，现有国家级重点学科1个、重点专科7个；江苏省重点学科1个、重点专科12个。医院有全国中医师承指导老师6人，省市级名中医、名中西医结合专家67人；设有国医大师工作站4个，江苏省省级院士工作站1个。获批江苏省中医肛肠疾病临床医学创新中心、江苏省研究生工作站、江苏省博士后创新实践基地、南京市中医药现代化与大数据研究中心、南京市中医药转化医学基地、南京市临床生物资源样本库等。
医院拥有自制制剂122种，国家级非物质文化遗产代表性项目1项；省级非物质文化遗产项目2项；融入 一带一路 战略部署，与多所海内外大学开展院校间科研、教学、人才培养全面合作，合作设立 中国—白俄罗斯（莫吉廖夫市）传统医学中心 ；在全国率先创立多专业一体化诊疗平台，并作为典范向全国推广经验。
医院中医肛肠病学荣登中华中医药学会 2021年度中医医院学科（专科）学术影响力 排行榜第二名；肛肠科、脑病科被评为 2021届中国中医医院最佳临床型专科 。2022年6月医院获评 中国最美医院 殊荣。
