江苏省新沂市疾病预防控制中心于2003年2月在原卫生防疫站和皮肤病防治所基础上组建成立，为相当于副科级全额拨款事业单位。人员编制109人，现有卫生专业技术人员68人，其中高级职称14人，中级职称23人，硕士研究生8人。
中心集疾病预防控制、公共卫生用品及健康相关产品检验检测、临床医学检验、健康教育促进、应用研究指导和卫生技术管理服务为一体。担负着全市113万人口的疾病预防控制任务。中心下设办公室、质量管理科、健康教育科（挂健康教育所牌子）、慢性传染病防制科（挂结核病防治所所牌子）、疾病预防控制科、性病艾滋病防制科（挂皮肤病（性病）防治所牌子）、地方病与寄生虫病防制科、卫生科、卫生检验科、慢性非传染性疾病防制科、疾病控制中心门诊部11个科室。
中心总建筑面积4435平方米，其中实验用房1713平方米占总建筑面积比例为39.4%。拥有实验室A类仪器设备39类77台（件），B类仪器设备30台（件），C类仪器设备17台（件），A类仪器设备配置率达到《疾病预防控制中心建设标准》（建标127-2009）县级配置39类61台（件）要求。
中心先后获得中央爱卫会、卫生部科技进步三等奖一项，江苏省人民政府科技进步四等奖一项，徐州市人民政府科技进步四等奖一项，新沂市人民政府科技进步一等奖一项、二等奖一项、三等奖三项。1999年被卫生部授予 县级一等卫生防疫站 ，2008年获全国丝虫病防治先进集体,2020年获全国饮用水监测先进集体。职业卫生监测、麻风病防治、地方病防治、饮用水监测、疾控信息等多项工作多次受到国家、省级表彰，连续多年在徐州市疾病预防控制系统考核名列前茅。
