我院始建于1972年，原名扬州地区第二人民医院。2004年12月在市委、市政府及市卫生局的关心下，在市第一人民医院竹西医院的基础上组建慈济医院，增挂扬州市慈济医院牌子，2007年4月更名为 扬州市惠民医院，担负着全市一万多名低保特困群体和低保边缘人群的医疗救助工作。
2010年5月，市委、市政府重新明确扬州市第二人民医院、市惠民医院为大专科小综合的二级综合性医疗机构，并指定为市区低保人群提供医疗救助的核心定点医院，于2012年12月8日整体搬入新院区并投入运行。医院主要承担扬州城北区域约10平方公里20万人口医疗服务和市区困难群众、优抚对象的医疗与医疗救助服务，为周边居民建立居民15分钟健康圈 。
2019年9月1日，为填补我市城北区域优质综合性医疗资源的空白，打造城北区域医疗技术高地，医院正式启动了与苏北人民医院融合发展工作。增挂了苏北人民医院北区医院 、 扬州市康复医院两块牌子。2020年12月22日，为我市及周边地区老年患者提供专业化的医疗、照护和康复服务，增挂了扬州市老年病医院的牌子。2021年2月，我院正式被江苏省卫健委确定为三级康复医院。目前，应急救援中心大楼（老年病大楼）项目正稳步推进中，同时将建设城北街道社区卫生服务中心。
医院占地面积3公顷，总建筑面积2万多平方米。医院设有内科（神经内科、心血管内科、呼吸内科、内分泌科、消化内科、血液内科、肾病学专业、老年病专业）外科、妇科、儿科、口腔科、耳鼻喉、眼科、急诊、皮肤、麻醉、精神科、中医、针灸、康复治疗、医学影像、检验科等临床诊疗科室。神经内科、肾内科、康复医学科是市级重点专科。拥有联影1.5T超导磁共振、GE64层CT、赛德科数字DR、富士电子胃肠镜、C型臂X光机、高压氧舱、经颅多普勒仪（TCD）、进口彩超、进口全自动生化分析仪、血球分析仪、血型分析仪、血流变仪、PCR实验室、口腔全景机、肺功能测试仪、耳鼻喉综合治疗台、眼底相机、强脉冲光治疗仪、二氧化碳激光治疗仪等先进医疗设备。
