南京紫金医院由第二军医大学南京军医学院脑血管病康复治疗中心(1987)发展而来，1993年经南京市卫生局批准更名为 南京紫金医院 ，历经38年发展，现为三级康复医院。

南京紫金医院于2002年被纳入南京市医保定点医疗机构，是南京市首批纳入医保的民营医院之一。医院于2023年12月通过CARF国际认证，2024年8月通过非公立医疗机构国家行业评价（社会信用评价AAA、医疗质量服务能力评价-五星）。

医院主要从事重症康复治疗及相关研究工作，经批准已设立重症医学科、康复医学科等多个学科。在南京市秦淮区、江宁区各设一个院区，主要救治因脑外伤、脑出血、脑梗死、缺血缺氧性脑病、脑炎、CO中毒、脊髓损伤等引起的意识障碍和神经功能障碍等疾病患者。医院在脑复苏、脊髓损伤和各种缺血缺氧引起的疾病治疗方面积累了丰富经验。