海安市中医院于1983年独立建院，为南京中医药大学教学医院，南京中医药大学翰林学院附属医院、扬州大学医学院附属医院、国家级爱婴医院、国家中医住院医师规范化培训协同基地。2013年1月8日，在南通市县级医院中率先被国家中医药管理局评为 三级乙等中医医院 。

医院现有占地面积3.3万㎡，2017年医院十九层医疗综合楼投入使用，2019年6月新的十七层 急救中心科研教学病房综合楼 顺利奠基，新增建筑面积3.8万平方米，医院总建筑面积11.7万㎡。