全区有各级各类医疗机构208家，其中三级医疗机构1家（南京市高淳人民医院），二级医疗机构2家（南京市高淳中医院、南京市高淳区精神病防治院），乡镇卫生院8家（均为中心卫生院），其他公立医疗机构3家（南京市高淳区妇幼保健所、江苏省高淳监狱医院、南京市高淳区急救医疗站），民营医院10家，门诊部、诊所48家，医务室8家，社区卫生服务站125家。另有卫生单位3家（南京市高淳区疾病预防控制中心、南京市高淳区卫生监督所、南京市高淳区卫生信息与培训中心）。全区医疗机构拥有床位2222张，每千人拥有床位4.89张，其中政府办医疗机构1861张。全区卫生健康系统事业单位目前在编职工1443人，其中卫生技术人员1366人。全区执业医师（含助理医师）1254人，每万常住人口执业（助理）医师27.25人；注册护士1418人，每千常住人口注册护士3.09人。2019年高淳区户籍居民人均预期寿命为82.41岁；其中男性为80.56岁，女性为84.58岁。