黄冈市疾病预防控制中心前身—黄冈地区行政公署防疫队，于1952年成立，2003年12月更名为黄冈市疾病预防控制中心，2023年12月整合市疾病预防控制中心、市卫生健康综合执法支队，重新组建市疾病预防控制中心，挂卫生监督所牌子，为市卫健委（市疾病预防控制局）所属副县级公益一类事业单位。是政府实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务单位，是全市疾病预防控制、卫生监测检验技术服务指导中心，是武汉大学、武汉科技大学公共卫生学院、湖北中医药大学和湖北科技学院等教学实习基地。

中心核定事业编制131名，设书记、主任各1名，副主任4名；内设机构15个，包括1办1部6所7科，内设机构正科级职数15名，副科级职数27名。中心现有干部职工182人，其中在职113人（在岗在编112人，合同聘用1人），退休69人。博士研究生2人，硕士研究生28人，大学64人，大专及以下19人。现有党员93名，其中在职党员56名，退休党员37名。

中心占地面积56.85亩，建筑面积21405平方米。现有业务大楼四栋，1号楼为全市公共卫生应急指挥中心（公卫医师实习实训中心），现为黄冈市新冠病毒感染疫情防控指挥部和卫生监督人员办公场所；2号楼为综合业务楼，含预防医学门诊和健康馆等；3号楼为检验检测大楼，主要开展理化检验检测、临床检验和单病种实验室检验检测工作；4号楼为生物安全实验室和实验基地（齐鲁实验室），生物安全三级实验室，主要从事微生物检验检测工作。