南京市疾病预防控制中心成立于2001年6月，是由原市卫生防疫站、市健康教育所、市结核病防治所等单位合并组建而成的公共卫生事业单位。主要从事突发公共卫生事件应急处置、疾病预防与控制、卫生检测与评价、健康教育与健康促进、技术指导与技术服务。有编制361名，在岗职员工268人。