江苏省中医药研究院、江苏省中西医结合医院始建于1956年，首任所长为著名中医药学家、学部委员（院士）叶桔泉教授。2013年6月，成为中国中医科学院首个地方分院，是专业从事中医药研究的省属公益类科研机构、综合性三级甲等中西医结合医院，同时还是南京中医药大学附属中西医结合医院、第三临床医学院，是全国首批重点中西医结合医院、国家药物临床试验机构、国家中医住院医师规范化培训基地、国家中医住院医师规范化培训重点专业基地、国家中医紧急医学救援队伍及基地依托医院、江苏省中医综合类紧急医学救援基地、美国心脏协会（AHA）授权的专业急救技能培训基地，是省卫健委建立健全现代医院管理制度建设首批试点单位、省科技厅科技改革三十条首批试点单位。2017年入选全国中医药传承创新工程省级中医药科研机构项目储备库，2018年成为国家中医临床研究基地建设单位，2022年被列入国家中医药传承创新中心项目储备库。