南通市第三人民医院院始建于1962年，前身为南通市传染病防治院。目前已发展成为集医教研于一体的三级甲等医院，南通大学附属南通第三医院，南京中医药大学南通中西医结合临床医学院，全国综合医院中医药工作示范单位、国家级住院医师规范化培训基地，附设南通市肝病研究所、皮肤病研究所。
医院目前编制床位1000张，实际开放床位近1200张，扩建工程二期项目完成后，开放床位将达1600张。现有职工1300余人，占地面积51682平方米，建筑面积近7万平方米。设有2个门诊部、49个临床医技科室、2个紧密型医联体，3个社区卫生服务站。拥有省级临床重点专科3个，2个市级临床医学中心，9个市级医学重点学科，1个市级临床医学创新团队, 25个市级临床重点专科,12个基层特色孵化中心。传染病学连续3年进入中国医院科技量值排行榜100强。2017年牵头组建南通市传染病防治联盟、2017-2019年作为主要发起单位组建江苏省肝健康联盟、传染病专科联盟，成为长三角传染病防治创新医院联盟核心成员单位，2019年建成复旦大学附属华山医院感染病国家重点学科南通基地。2020年成为中国公共卫生联盟成员单位。
