江苏省血吸虫病防治研究所主要承担全省血吸虫病、寄生虫病防治及突发事件应急处理、医学基础和应用技术研究、科技情报信息服务、技术培训与科学普及等职能。研究所为全国首批硕士学位授予点，同时是国家博士后科研工作站、江苏省科普教育基地。建有 国家卫健委寄生虫病预防与控制技术重点实验室 、 江苏省寄生虫与媒介控制技术重点实验室 、 江苏省医学重点学科（医学寄生虫学） 。附属寄生虫病专科门诊部开展血吸虫病、疟疾等各类寄生虫病的检测、诊断与治疗。
研究所先后与15个国家和地区的60所国际知名高校和科研机构开展科研合作与交流。与江南大学无锡医学院联合共建 江南大学公共卫生研究中心 ，建有 世界卫生组织消除疟疾研究与培训合作中心 。2002年起开展援助非洲热带病防治技术培训。先后承担国家商务部 国际热带病防治技术培训班 、 非洲国家疟疾防治研修班 等各类国际培训班近40余期，培训来自非洲、亚洲等50多个发展中国家的千名卫生官员和专业技术人员。2016年起，积极落实中非公共卫生合作计划，受商务部委托代表国家实施援助桑给巴尔血吸虫病防治技术合作项目，推广我国血防工作经验，为我国公共卫生援外项目探索模式。
